管理部
管理部門は、本部事務所内で、経理、総務、信用、電算システム、企画などの業務を担当しています．
職員は日本人、日系人で占めており、外来のお客さんを除けば、組合員さんとの応対や、職員同士の会話はすべて日本語です。
現在、本部事務所とサンタクルス支所をネットワーク回線でつなぐオンライン・システムの構築を進めており、これの完成により、大幅な業務の効率化を見込んでいます。
購買部
営農に必要な資材、機材は、組合員に有利な価格で供給できるよう、商社などと大口契約し、共同購入しています．
本部事務所横には、農協直営のスーパーマーケットを設けています。営農資機材はもとより、 食料品から日用雑貨品まで取り扱っており、生活に密着した商品展開を心がけています．
加工部
飼料工場では、養鶏農家に必要な配合飼料を生産しており、原料サイロには大豆、トウモロコシなどが貯蔵されています．
また、大豆原料の搾油や養鶏飼育用ケージ製作も行っています.
現在実施中のプロジェクトとして、新たな飼料用加工機材となる大豆用エクストルーダー（加熱・加圧押出機）の導入を行いました。栄養価の高い飼料を供給することで、養鶏農家の産卵率向上を目指しています．
開発研究部
サンフアン農協では直営農業試験場を有しており、稲の優良品種の選抜や種子の選別、永年作物では果樹類やマカダミアナッツの生育試験を始め、苗木の生産を行い、組合員に供給しています。
また、実際の栽培現場における技術指導の拡充が求められていることから、組合員のほ場を巡回する専用スタッフを雇用するなど、営農指導の強化をはかっています．
第1サービス部
第1サービス部では、精米所、鶏卵用モールドパック製造工場、輸送部門を担っています．
今年、新たな精米機の導入を行いましたが、、品質と生産性の向上に努める他、精米の加工過程で生じる籾殻を、ブリケッター（圧縮機）で固形化し、乾燥機の熱源に利用しており、リサイクルにも努めています．
なお、輸送部門は販売を支える重要な業務で、大型トレーラーが800キロ以上離れたラパス地区まで鶏卵を輸送しています．
第2サービス部
第2サービス部の主要業務は、マカダミアナッツ加工や鶏卵の集荷や発送を行っています．
鶏卵の集荷は、養鶏農家を集卵トラックが週2回の割合で回ります。鶏卵は農家でパッキン詰めされていますが、積み込みの際、衝撃を与えないよう心がけています．
また、マカダミアの工場では、品質はもちろんのこと、衛生面にも細心の注意を払っています．
畜産部
畜産部では、鶏病予防センター、種鶏場、孵卵場を有しており、養鶏農家を全面的にサポートしています．
その他、肉牛牧場や養豚場も担当しており、牧畜農家に優良牛の供給を行っていますが、今年完成する競売場では、ボリビア人牧畜農家に参加を呼びかけ、新たな交流が生まれるを期待しています．